A região onde hoje se localiza o município de Rio Negro, até 1816 era habitada por índios Botocudos.
O lugarejo era conhecido como Sertão da Mata e constituía antigo lugar de pouso dos tropeiros e de registro fiscal das tropas no caminho de Sorocaba em São Paulo e Viamão no Rio Grande do Sul.
O local era constantemente assolado pelos indígenas e para defendê-lo, o governo paulista, em 1816, estabeleceu ali, cinquenta casais de portugueses açorianos, com o intuito de promover o povoamento da região.
No entanto, a colonização efetiva da região somente se deu quando o governo da Capitania de São Paulo, para facilitar a comunicação entre São Paulo e o Rio Grande do Sul, determinou a construção da “Estrada da Mata”, ligando a Vila do Príncipe (Lapa), no Paraná à Vila de Lages, Santa Catarina.
João da Silva Machado, mais tarde Barão de Antonina, como supervisor das obras de construção da referida estrada, em 21 de julho de 1826, no local conhecido por Sertão da Mata, às margens do rio Negro, fundou uma povoação cuja primitiva denominação foi Capela do Rio Negro, devido à construção da Capela da Mata do Caminho do Sul.
A 26 de julho de 1828, por Provisão de Dom Manoel Joaquim Gonçalves de Andrade, Bispo de São Paulo, a povoação passou à condição de Capela Curada.
Em 1838, a povoação foi elevada à Freguesia, em 1870 a município e, em 1896, recebeu os Foros de Cidade.
Primitivamente, a Cidade de Rio Negro ocupava as duas margens do rio, porém, com o acordo de limites celebrado em 1916, entre os Estados de Paraná e Santa Catarina, a parte da Cidade que ocupava a margem esquerda passou a pertencer ao Estado de Santa Catarina, e recebeu a denominação de Mafra; Rio Negro limitou-se à margem direita do rio.
A denominação do município deve-se a sua localização próxima ao rio do mesmo nome.
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