São João tem sua origem ligada à fertilidade de suas terras e à madeira em abundância, pois estes foram os motivos que fizeram com que, por volta de 1920, as famílias Marcondes, Félix e Vieira dos Santos, vindas do Rio Grande do Sul e Santa Catarina, se instalassem por aqui. Longe da cidade, as famílias pioneiras da localidade que, mais tarde, viria a ser o município de São João, viviam da caça e da criação de suínos, que eram trocados por ferramentas e mantimentos.
No ano de 1925 os pioneiros deram inicio à construção da estrada até Chopinzinho, e, em 1936, foi erguida a primeira capela, com missa realizada pelo Frei Timóteo de Palmas. De forte tradição religiosa, a cidade possui em São João Batista seu santo padroeiro.
Com o crescimento do povoado, em 1954 a localidade passou a ser distrito do Município de Mangueirinha. No ano seguinte, com a emancipação política de Chopinzinho, passou a pertencer a este, como distrito. Em 25 de julho de 1960, pela lei nº- 4.245, alcançou a emancipação político-administrativa.
Atualmente, a cidade possui sua economia baseada na agricultura e pecuária, sendo berço de importantes instituições e empresas deste setor. Dentre outras, destacam-se a Cooperativa Agroindustrial COASUL e a SICREDI Iguaçu, com sedes no Município. Entrará em funcionamento o Frigorífico de Aves da COASUL, um dos mais modernos da América Latina.
São João destaca-se no cenário regional pela hospitalidade de sua gente e por ser sede da maior festa de São João do Paraná, onde, a cada ano, é acesa a maior fogueira de São João do Brasil.
